نانو هیدروکسی آپاتیت به دلیل اندازه ذرات در مقیاس نانو دارای مزیت‌های منحصر به فردی از جمله نسبت سطح به حجم بالا و سختی سطحی بیشتر در مقایسه با ذرات در اندازه میکرو است. از ویژگی‌های ذاتی هیدروکسی آپاتیت زیست فعالی این مواد است که در اندازه نانو این فعالیت بیشتر هم می‌شود. همچنین جذب سلولی و برهمکنش ماتریکس خارج سلولی بهتری نسبت به همتای میکرومقیاس خود دارد.
با توجه به توضیحات مزایای کلی خمیردندان نانو به شرح زیر است:
۱- افزایش پیوستگی بین ساختار دندان‌ها
۲- هیدروکسی آپاتیت نانومتری در کوچکترین فاصله‌های بین دندانی نفوذ کرده و شفافیت و سفیدی دندان را دو برابر می‌کند.
۳- نانو هیدروکسی آپاتیت به پاکسازی پلاک دندان به آرامی کمک می کند.